Misiunea esențială a Bazei 90 Transport Aerian este reprezentată de transportul aerian de personal și materiale în teatrele de operații, la exerciții naționale și internaționale sau pentru activități curente.

Suplimentar, față de misiunea de bază, escadrilele de transport ale Bazei 90 Transport Aerian pot executa misiuni de evacuare medicală, evacuarea non-combatanților din zone de conflict, de căutare-salvare, stins incendii, desant aerian, inserții, misiuni speciale și nu în ultimul rând de cercetare la vedere și prin aerofotogrammetrie.

„În spatele reușitei se regăsesc cu siguranță și alte elemente precum: experiența profesională, misiunile îndeplinite cu succes, lucrul în echipă, sprijinul necontenit al colegilor și comandanților și nu în ultimul rând sacrificiile personale și familiale.” - General de flotilă aeriană Emil Tecuceanu, comandantul Bazei 90 Transport Aerian „Comandor Aviator Gheorghe Bănciulescu”